随着野生动植物及自然保护区工程的全面实施，甘肃省林业系统自然保护区建设明显加快。近3年来，经国务院批准，太统-崆峒山、连城、小陇山、安南坝、盐池湾5个省级自然保护区晋升为国家级自然保护区。甘肃省自然保护区的数量排名全国第12位，其中国家级排名全国第3位，省级排名全国第6位。这些保护区保护了甘肃省90%以上的珍稀野生动植物种群和80%以上的湿地，成为全省生态保护的主体。

　　盐池湾国家级自然保护区地处肃北蒙古族自治县东南部，总面积136万公顷，主要保护白唇鹿、藏原羚、野牦牛等高原珍稀野生动物及过渡带生态系统，属超大型野生动物类型自然保护区。该保护区的建设对保护我国生物多样性特别是边缘种群的遗传多样性方面有着十分重要的意义。安南坝野骆驼国家级自然保护区地处阿克塞哈萨克族自治县境内，总面积39.6万公顷，主要保护野骆驼等野生动物及其栖息环境，属野生动物类型自然保护区，该保护区保护着我国野骆驼种群的三分之一，被列入国家有重要经济、科研价值的野生动物43种。